Trzy czaszki dorosłych osób z Göbekli Tepe noszą ślady celowych, głębokich nacięć w płaszczyźnie strzałkowej, wykonanych narzędziami kamiennymi po śmierci. Jedna z czaszek posiada otwór wywiercony w celu zawieszenia lub ozdoby. Modyfikacje wykonano tuż przed śmiercią na świeżej, elastycznej kości. Nacięcia nie mają związku z usuwaniem tkanki mięśniowej ani skalpowaniem. Na jednej z czaszek, znalezionej w skupisku ochry, nałożono ochrę. Czaszki stanowią 15% dorosłych osobników zidentyfikowanych na tym stanowisku. Fragmenty ludzkich czaszek dominują w zbiorze kości nad kośćmi pozaczaszkowymi. Ślady cięć wskazują na ścięcie głowy na kręgach szyjnych. Na stanowisku nie ma pochówków, ale widoczna jest architektura rytualna z filarami w kształcie litery T. Nacięcia zapobiegają zsuwaniu się sznurów podczas ekspozycji lub kultu przodków. Brak śladów gojenia świadczy o zabiegach pośmiertnych. Modyfikacje te są bezprecedensowe w kulturze PPN w Anatolii i Lewancie. Czaszki mogą pochodzić z wtórnych obrzędów pogrzebowych. Etnograficzne analogie w postaci czaszek ozdobionych i przymocowanych sznurkami. Göbekli Tepe funkcjonowało jako rytualne centrum łowców-zbieraczy.