Ludność Khoe-San reprezentuje najbardziej zróżnicowane linie rodowe wśród Homo sapiens. Genomy Khoe-San zawierają 25% unikalnych wariantów, których nie występuje nigdzie indziej. Ludność Khoe-San charakteryzuje się najwyższą heterozygotycznością i różnorodnością alleli na świecie. Nawet po wyeliminowaniu wpływu niedawnego wymieszania genetycznego różnorodność ludności Khoe-San nadal przewyższa różnorodność innych Afrykanów. Najgłębsze rozdzielenie oddziela ludność Khoe-San od pozostałych Afrykanów i ludów pozaafrykańskich i miało miejsce 200–300 tys. lat temu. Ju|'hoansi wykazują najmniejsze domieszki i najstarsze rozdzielenie sprzed 270 tys. lat. Wszystkie grupy Khoe-San otrzymały 10–30% domieszki wschodnioafrykańsko-eurazjatyckiej 1500 lat temu. Wszystkie grupy ludzkie, w tym Khoe-San, doświadczyły spadku Ne do 1/3–1/10 około 100–20 tys. lat temu, co zbiegło się ze zmianami paleoklimatu. Nie-Afrykanie osiągnęli najniższą liczbę Ne wynoszącą 2000 podczas migracji z Afryki. Prywatne allele Khoe-San, wspólne tylko dla nich samych, przewyższają liczbą te występujące w innych grupach. PCA wyraźnie oddziela Khoe-San od innych Afrykanów i nie-Afrykanów. Sygnały selekcyjne >300 tys. lat temu dotyczą genów mózgowych, takich jak LPHN3, powiązanych z łącznością neuronową i ADHD. Wczesna selekcja dotyczy również genów odporności, ruchliwości plemników i morfologii czaszki. Lokalna selekcja u Khoe-San wzbogaca geny odpornościowe, w tym MHC, chroniące przed chorobami endemicznymi, takimi jak wąglik. Geny związane z dietą, takie jak FRRS1 odpowiedzialny za wchłanianie żelaza, uległy selekcji u północnych Khoe-San. Geny mięśniowe, takie jak DTNB i SNTB1, podlegają selekcji u Khoe-San. Khoe-San zachowują funkcjonalny CASP12 w 48% przypadków w porównaniu z 5% na całym świecie, co pomaga w kontroli stanów zapalnych. Khoe-San posiadają funkcjonalny FMO2 w 60% przypadków, podczas gdy gdzie indziej utrata tego genu jest niemal utrwalona, co stwarza ryzyko toksyczności.