Grupy archaiczne współistniały z współczesnymi ludźmi w Afryce co najmniej do MIS 3. Badania genetyczne potwierdzają obecność domieszki genetycznej pochodzącej od archaicznych przodków w populacjach afrykańskich. Afrykańskie skamieniałości z późnego plejstocenu wykazują wysoką różnorodność fenotypową, niespotykaną w współczesnych grupach. Ishango 11 dostarcza 138 szczątków pochodzących od 12 osobników datowanych na 20–25 tys. lat temu w Afryce Środkowej. Czaszka Hofmeyr przypomina bardziej wczesnych Europejczyków niż lokalnych San z holocenu. Nazlet Khater 2 zachowuje archaiczne cechy czaszki, w przeciwieństwie do współczesnych Afrykanów. Iwo Eleru wykazuje cechy archaiczne utrzymujące się w holocenie. Homogenizacja czaszek osiąga szczyt w Afryce Subsaharyjskiej po ekspansji Bantu. Populacja Ishango wykazuje zaawansowane zachowania, takie jak używanie harpunów i wykonywanie matematycznych rycin. Różnorodność regionalna odzwierciedla długotrwałe interakcje populacyjne i archaiczną introgresję. Afrykanie z późnego plejstocenu różnili się fenotypowo na całym kontynencie, w tym w zachodniej i środkowej części, a luki te wypełnia obecnie Ishango. Współczesne założenia dotyczące wczesnego wyparcia archaicznych populacji w Afryce są błędne.