Pigmeje z plemion Biaka i San wykazują niezwykle silne dowody na archaiczne domieszki genetyczne (P < 10^{-4}). Mandenka nie wykazują żadnych znaczących archaicznych domieszek (P > 0,05). Szczytowy moment rozdzielenia się przodków przypada na 700 tys. lat temu lub 375 tys. lat temu. Szczytowe wartości czasu mieszania genetycznego wynoszą 35 tys. lat temu lub 15 tys. lat temu. Szczytowe wartości proporcji mieszania genetycznego wynoszą 2% lub 0,5%. Model trzech populacji odrzuca hipotezę zerową o braku mieszania genetycznego (P=0,0493). Locus 4qMB179 wykazuje 31,4-kb archaiczny haplotyp u Biaka przy 0,3% rozbieżności. Najwyższa częstotliwość archaicznego haplotypu w locus 4qMB179 (3,6%) występuje u Pigmejów z zachodnio-środkowej Afryki. Najwyższa częstotliwość archaicznego haplotypu w locus 13qMB107 występuje u San (11,9%). Najwyższa częstotliwość archaicznego wariantu w locus 18qMB60 występuje u Pigmejów (1,6%). Mbuti posiadają warianty ze wszystkich trzech loci pomimo izolacji. Rozdzielenie się Biaka i Mandenka nastąpiło przed powstaniem AMH 450 tys. lat temu. Źródło archaiczne było odizolowane przez setki tysięcy lat. Introgresja prawdopodobnie pochodzi od archaicznych homininów z Afryki Środkowej. Skamieniałości potwierdzają współistnienie archaicznych i współczesnych ludzi w Afryce do 35 tys. lat temu. Genomy łowców-zbieraczy są rezerwuarem segmentów archaicznych. Punkty gorące rekombinacji skróciły dłuższe bloki archaiczne.