Program ADMIXTURE wykorzystuje model prawdopodobieństwa programu STRUCTURE do szacowania pochodzenia. ADMIXTURE rozwiązuje duże zadania w ciągu kilku minut, podczas gdy STRUCTURE potrzebuje na to godzin. W przypadku wielu zbiorów danych ADMIXTURE dorównuje szybkością programowi EIGENSTRAT. ADMIXTURE przewyższa program FRAPPE pod względem szybkości i dokładności. ADMIXTURE precyzyjnie szacuje współczynniki mieszania i częstotliwości alleli przodków. ADMIXTURE umożliwia wykorzystanie znacznie większej liczby markerów w analizie pochodzenia. ADMIXTURE skutecznie koryguje stratyfikację populacji w badaniach genetycznych. ADMIXTURE wykorzystuje relaksację blokową i przyspieszenie quasi-Newtonowskie w celu zwiększenia szybkości. ADMIXTURE dostarcza oszacowania maksymalnego prawdopodobieństwa porównywalne z oszacowaniami bayesowskimi programu STRUCTURE. ADMIXTURE działa na danych genotypowych wielu loci osób niepowiązanych. ADMIXTURE szybko obsługuje zbiory danych obejmujące 1000 osób i 10 000 markerów.
Komentarze
Napisz pierwszy komentarz!