Współczesne populacje afrykańskie zawierają około 2% materiału genetycznego pochodzącego od populacji archaicznej. Populacja ta oddzieliła się od przodków współczesnych ludzi około 700 tys. lat temu. Do introgresji doszło około 35 tys. lat temu. Symulacje wykluczają model zerowy zakładający brak mieszania genetycznego. Trzy regiony kandydujące wykazują głęboką dywergencję haplotypów i niezwykłą nierównowagę sprzężeń. Jeden locus na chromosomie 4 zawiera segment archaiczny o długości >31 kb pochodzący od wymarłego taksonu z Afryki Środkowej. Polimorfizmy archaiczne uległy introgresji poprzez niedawne krzyżowanie z homininami z dolnego i środkowego plejstocenu. Mieszanie wykryto w populacjach Mandenka, Biaka i San. Haplotypy introgresyjne zbadano w całej Afryce Subsaharyjskiej. Wyniki potwierdzają wkład archaicznych populacji afrykańskich wykraczający poza skupisko neandertalczyków i denisowczyków spoza Afryki. Model uwzględnia współczesną strukturę populacji z przepływem genów archaicznych. Metody przybliżonego prawdopodobieństwa potwierdzają proporcje i czas mieszania. Wielkość kladów bazowych w grupach kandydujących jest niewielka. Częstotliwość wariantów introgresyjnych jest zróżnicowana w rozszerzonych próbkach afrykańskich. Wymarły takson prawdopodobnie przetrwał w Afryce do niedawna.