Afrykanie wykazują introgresję archaiczną pochodzącą z populacji, która rozdzieliła się przed pojawieniem się neandertalczyków i współczesnych ludzi. Widma częstotliwości loci potwierdzają 2–19% pochodzenia archaicznego w czterech populacjach subsaharyjskich. Genomy Jorubów zawierają 482 megabazy sekwencji archaicznej. Genomy Mende zawierają 502 megabazy sekwencji archaicznej. Metoda pozwala zidentyfikować segmenty archaiczne bez konieczności odwoływania się do genomów referencyjnych. Segmenty archaiczne o wysokiej częstotliwości wskazują na introgresję adaptacyjną. Archaiczne pochodzenie w znacznym stopniu kształtuje współczesną pulę genów Afrykanów. Introgresja uzupełnia domieszkę neandertalczyków/denisowczyków poza Afryką. Przeanalizowano 405 sekwencji całego genomu z grup subsaharyjskich. Archaiczna „duchowa” linia rozdzieliła się przed rozłamem między neandertalczykami a współczesnymi ludźmi.