Genom neandertalczyka z Ałtaju wykazuje przepływ genów od współczesnych ludzi na poziomie 1,0–7,1%. Nie wykryto przepływu genów od współczesnych ludzi u neandertalczyków z Denisowy ani u neandertalczyków europejskich. Źródło przepływu genów oddzieliło się wcześnie od afrykańskich przodków, takich jak San i Joruba. Młode afrykańskie haplotypy u neandertalczyków z Ałtaju połączyły się 100 000–230 000 lat temu. Neandertalczycy z Ałtaju dzielą o 5,4% więcej pochodnych alleli z Afrykanami niż denisowianie. Europejscy neandertalczycy dzielą mniej pochodnych alleli z Afrykanami niż neandertalczycy z Ałtaju. Segmenty introgresji pokrywają się z genem FOXP2 związanym z językiem. Najdłuższy introgresowany segment obejmuje czynnik transkrypcyjny NR5A2 podlegający selekcji u ludzi. Neandertalczycy i denisowianie doświadczyli długotrwałego spadku liczebności populacji. Populacje archaiczne miały mniej skuteczną selekcję oczyszczającą niż współcześni ludzie. Populacja neandertalczyków z Ałtaju była odizolowana na Syberii. Krzyżowanie się gatunków prawdopodobnie miało miejsce na Bliskim Wschodzie lub w Lewancie 120 000 lat temu. Współcześni ludzie dotarli do Chin 120 000 lat temu, umożliwiając archaiczne wymieszanie genetyczne. Neandertalczycy z Ałtaju oddzielili się od europejskich neandertalczyków 110 000 lat temu po introgresji. Denisowianie otrzymali przepływ genów od głęboko rozbieżnych archaicznych homininów sprzed ponad 1 miliona lat.