Wszyscy mieszkańcy spoza Afryki dziedziczą około 2% pochodzenia neandertalskiego. Melanezyjczycy dziedziczą dodatkowo 2–5% pochodzenia denisowskiego. Początkowy udział domieszki neandertalskiej wynosił 6–9% u starożytnych mieszkańców Eurazji. Udział pochodzenia neandertalskiego stopniowo malał w wyniku selekcji oczyszczającej. Wiele niezależnych impulsów mieszania wyjaśnia zróżnicowane poziomy archaiczności w różnych populacjach. Mieszkańcy Azji Wschodniej zachowali więcej DNA neandertalczyków niż Europejczycy. Pochodzenie neandertalczyków uległo wyczerpaniu na chromosomie X, co wskazuje na przewagę mężczyzn neandertalczyków nad kobietami ludzkimi. Afrykanie są nosicielami archaicznego pochodzenia od niezidentyfikowanych afrykańskich homininów. Duże pustynie genomowe pozbawione są archaicznego DNA z powodu selekcji przeciwko szkodliwym wariantom. Neandertalczycy zgromadzili słabo szkodliwe allele ze względu na małą liczebność populacji. Ocalałe archaiczne allele wzmacniają odporność poprzez geny takie jak OAS1 i TLR1. Allel BNC2 neandertalczyków wpływa na pigmentację skóry Europejczyków. Denisowski EPAS1 umożliwia Tybetańczykom adaptację do życia na dużych wysokościach. Archaiczne sekwencje mają nieproporcjonalny wpływ na regulację i ekspresję genów. Przepływ genów ludzkich do neandertalczyków miał miejsce 100–300 tys. lat temu.