Amerykanie o pochodzeniu mieszanym wykazują obecność archaicznych alleli proporcjonalną do udziału pochodzenia europejskiego i rdzennego amerykańskiego. Fragmenty genomu o pochodzeniu afrykańskim prawie w ogóle nie zawierają archaicznych alleli. Allele denisowskie występują częściej w segmentach rdzennych Amerykanów niż w segmentach europejskich. Najwięcej archaicznych loci występuje u mieszkańców Azji Wschodniej, a najmniej u Europejczyków. Najwyższą gęstość archaicznych alleli wykazują Peruwiańczycy ze względu na 77-procentowy udział pochodzenia rdzennego. Liczba alleli neandertalskich jest taka sama w segmentach europejskich i rdzennych. Pięć regionów genomowych o wysokiej gęstości archaicznej występuje wspólnie u ponad 20 osób o mieszanym pochodzeniu w fragmentach rdzennych. Allele archaiczne w genach takich jak CNTNAP2 i LRRK2 są przedmiotem selekcji u Amerykanów. PBS identyfikuje adaptacyjną introgresję archaiczną w genach odporności, mózgu i metabolizmu. PEL i MXL wykazują wyższe częstotliwości archaiczne niż mieszkańcy Azji Wschodniej w wybranych loci. Heterosis prawdopodobnie nie wyjaśnia wysokich częstotliwości archaicznych w większości regionów. Symulacje neutralne potwierdzają, że sygnały selekcyjne przewyższają dryf. 79–81% archaicznych miejsc o wysokim wskaźniku PBS pokrywa się z potwierdzonymi fragmentami introgresji. Rdzenni Amerykanie odzwierciedlają archaiczne profile Azjatów Wschodnich, w tym dodatkowe elementy denisowskie. Brak archaicznej zmienności w segmentach afrykańskich odzwierciedla wąskie gardła związane z migracją z Afryki. Genomy mieszane odzwierciedlają wzorce archaiczne genów niemieszanych według źródła pochodzenia.