Z kości mężczyzny z Vindiji, liczącej 38 000 lat, uzyskano 65 250 par zasad autentycznego jądrowego DNA neandertalczyka. Genomy neandertalczyka i człowieka są identyczne w 99,5%. Sekwencje neandertalczyka i człowieka wskazują na wspólnego przodka żyjącego 706 000 lat temu. Populacje przodków rozdzieliły się 370 000 lat temu, biorąc pod uwagę średnią dla współczesnych grup. Szacuje się, że rozdzielenie populacji europejskiej nastąpiło 440 000 lat temu. Szacuje się, że rozdzielenie populacji wschodnioazjatyckiej nastąpiło 390 000 lat temu. Szacuje się, że rozdzielenie populacji Joruba nastąpiło 290 000 lat temu. Rozdzielenie nastąpiło przed pojawieniem się najwcześniejszych anatomicznie współczesnych ludzi w Afryce 195 000 lat temu. Sekwencje neandertalczyków są identyczne z sekwencjami szympansów w 34 miejscach substytucji specyficznych dla człowieka. Brak dowodów na domieszkę neandertalczyków we współczesnych europejskich genomach jądrowych. Wkład neandertalczyków w populację Europejczyków wynosi 0% przy maksymalnym prawdopodobieństwie i 95% przedziale ufności do 20%. Niewielkie zanieczyszczenie genomu współczesnego człowieka potwierdzone przez PCR mtDNA i sygnatury uszkodzeń. Sekwencje chromosomu Y dowodzą męskiego pochodzenia neandertalczyków. Losowe pobieranie próbek ze wszystkich ludzkich chromosomów. Ukierunkowana selekcja pozwala odzyskać konkretne sekwencje neandertalczyków z bibliotek metagenomicznych. Dane mitochondrialne są ograniczone – dane jądrowe po raz pierwszy ujawniają pełną dywergencję.