Linie mtDNA Negrito z Andaman przetrwały w całkowitej izolacji od mieszkańców Azji Południowej i Południowo-Wschodniej od czasu migracji z Afryki. Autosomalne markery STR wykazują wysoki poziom polimorfizmu oraz średnią różnorodność genetyczną wynoszącą 77% wśród Wielkich Andamanczyków, Onge i Nikobarczyków. Populacje Negrito z Andaman nie wykazują pokrewieństwa z Afrykanami ani Hindusami, co potwierdza ich wyjątkowe pochodzenie. Nikobarczycy wykazują bliskie pokrewieństwo genetyczne z mieszkańcami Azji Południowo-Wschodniej, co wskazuje na niedawną migrację. Mieszkańcy Wielkich Andamanów i Onge reprezentują izolowane linie Negrito. Wysoka heterozygotyczność wewnątrzpopulacyjna od 0,392 do 0,857. Zakres alleli od 7 do 31,2 w różnych markerach. Brak wspólnego pochodzenia z populacjami kontynentalnymi Indii. Negrito rozdzieliły się wcześnie po osiedleniu się poza Afryką. Mieszkańcy Nikobarów różnią się genetycznie od Negrito.