Protoindoirańscy użytkownicy języka, którzy później w sanskrytach Rig Veda i Avesta nazwali siebie „Aryjczykami”, wywodzą się z kultury Połtawki (2700–2100 p.n.e.), rozciągającej się od dolnego Don-Wołgi do depresji kaspijskiej. Ich linie ojcowskie Y-DNA to pochodne R1a (tak jak 60% polskich mężczyzn), a matczyne mt-DNA pokrywały się z współczesnymi liniami 68% Polek. Aryjczycy genetycznie najbliżsi są współczesnym Wschodnim Europejczykom - najbardziej Polakom i Białorusinom, trochę mniej Rosjanom (zachód państwa) i Ukraińcom (głównie północ Ukrainy), Słowianom południowym, oraz w mniejszym stopniu Europie zachodniej (dominuje R1b, bardzo bliska haplo). Populacja dokonująca podboju i gwałtownego rozwoju wspomnianych cywilizacji, sama siebie nazywająca Aryjczykami, genetycznie była dzisiejszym białym wschodnim Europejczykiem, a najbardziej Polakiem lub Białorusinem. Omawiając bliskość genetyczną nawiązując do haplogrup należy pamiętać że każda osoba ma dwójkę rodziców, 4 dziadków, itd. To że Y-DNA R1a występuje równie często w Polsce co Afganistanie albo Kirgistanie albo wśród Braminów, informuje o mniej niż połowie ich DNA ponieważ ich matki były lokalne - hybrydy denisowian i neandertala. Okazuje się że w okresie Aryjskiego podboju, Aryjczycy mieli wschodnio europejskie linie matczyne, oraz ojcowskie - tak jak dzisiejsi wschodni Europejczycy. Aryjscy mężczyźni uniemożliwili rozpłód lokalnych, prymitywnych mężczyzn, ale zapładniali lokalne kobiety. W ten sposób powstały różnice pomiędzy oryginalnymi Aryjczykami (najbliżej wschodnia Europa), a współczesnymi tamtejszymi populacjami (geny denisowian nieobecne wśród Europejczyków, wyższe stężenie DNA neandertala, oraz wśród niektórych populacji prawdopodobnie erectusa). Lokalnych kobiet było więcej niż Aryjskich, w związku z czym udział Aryjskich genów w DNA spadał wraz z mieszaniem - ale Y-DNA męskie trwało, bo lokalni faceci 'zniknęli'. Aryjczycy w Indiach zauważyli skrajnie negatywne skutki mieszania z drawidami (hybrydy denisowian, neandertala, czasem i trzeciego) na co w odpowiedzi stworzyli system kastowy uniemożliwiając mieszanie genów - ale Afgranistan, kirgistan, degradacja dalej postepowała. System kastowy umożliwił przetrwanie w miarę bliskim Aryjskiemu genomowi braminom, ale i tak mają dna hominidów denisowian, a my i Aryjczycy nie. Do 1700 r. p.n.e. pasterze konni przedostali się do Beludżystanu (południowo-zachodniego Pakistanu). Dolina Indusu została zdominowana genetycznie przez Aryjczyków (i ich hybryd) około 1500 r. p.n.e., a północna i środkowa część subkontynentu indyjskiego została przejęta do 500 r. p.n.e. Migracje na zachód zaprowadziły staroindyjskich użytkowników sanskrytu, jadących na rydwanach wojennych, do Asyrii, gdzie od około 1500 r. p.n.e. stali się władcami Mitanni. Medowie, Partowie i Persowie, wszyscy mówiący po irańsku z kultury andronowskiej, osiedlili się na Wyżynie Irańskiej od 800 r. p.n.e. Ci, którzy pozostali w Azji Środkowej, są pamiętani przez historię jako Scytowie, podczas gdy potomkowie Jamny, którzy pozostali na stepach pontyjsko-kaspijskich, stali się znani jako Sarmaci dla starożytnych Greków i Rzymian. Migracje indoirańskie spowodowały wysokie częstotliwości R1a w południowej Azji Środkowej, Iranie i na subkontynencie indyjskim. Najwyższą częstotliwość R1a (około 65%) osiągnięto w skupisku wokół Kirgistanu, Tadżykistanu i północnego Afganistanu. W Indiach i Pakistanie R1a waha się od 15 do 50% populacji, w zależności od regionu, grupy etnicznej i kasty. R1a jest ogólnie częstsze na północnym zachodzie subkontynentu, a najsłabsze na południu, gdzie mówi się po drawidyjskiemu (Tamil Nadu, Kerala, Karnataka, Andhra Pradesh) i od Bengalu na wschód. Ponad 70% braminów (najwyższa kasta w hinduizmie) należy do R1a1, ze względu na efekt założyciela. Linie matczyne w Azji Południowej są jednak w przeważającej mierze przedindoeuropejskie. Na przykład w Indiach występuje ponad 75% „rodzimych” linii mtDNA M i R oraz 10% linii wschodnioazjatyckich. W pozostałych 15% haplogrup około połowa ma pochodzenie bliskowschodnie (ówcześnie również biali ludzie, R1b, współczesna Europa zachodnia). Tylko około 7–8% może pochodzić z „rosyjskiego” (stepu pontyjsko-kaspijskiego), głównie w postaci haplogrup U2 i W (choć pochodzenie U2 jest nadal przedmiotem dyskusji). Europejskie linie mtDNA są jednak znacznie bardziej powszechne w Azji Środkowej, a nawet w Afganistanie i północnym Pakistanie. Sugeruje to, że indoeuropejska inwazja na Indie została przeprowadzona głównie przez mężczyzn poprzez wojnę. Pierwsze większe osadnictwo kobiet indoaryjskich miało miejsce w północnym Pakistanie, zachodnich Indiach (od Pendżabu do Gudżaratu) i północnych Indiach (Uttar Pradesz), gdzie haplogrupy U2 i W są obecnie najpowszechniejsze. Uważa się, że R1a była dominującą haplogrupą wśród północnych i wschodnich plemion protoindoeuropejskich, z których ewoluowały ludy indoirańskie, trackie, bałtyckie i słowiańskie. Protoindoeuropejczycy wywodzą się z kultury Jamna (3300-2500 p.n.e.). Ich gwałtowna ekspansja była możliwa dzięki wczesnemu przyjęciu broni z brązu i udomowieniu konia na stepach euroazjatyckich (około 4000-3500 p.n.e.). Badania starożytnego DNA potwierdziły obecność haplogrupy R1a-M417 w próbkach z kultury ceramiki sznurowej w Niemczech (2600 p.n.e.), z mumii tocharskich (2000 p.n.e.) w północno-zachodnich Chinach, z grobów kurhanowych (około 1600 p.n.e.) z kultury andronowskiej w południowej Rosji i południowej Syberii, a także z różnych stanowisk epoki żelaza z Rosji, Syberii, Mongolii i Azji Środkowej. Obecnie wysokie częstotliwości występowania R1a występują w Polsce (57,5% populacji), na Ukrainie (40–65%), w europejskiej części Rosji (45–65%), na Białorusi (51%), na Słowacji (42%), na Łotwie (40%), Litwie (38%), w Czechach (34%), na Węgrzech (32%), w Norwegii (27%), Austrii (26%), Chorwacji (24%), północno-wschodnich Niemczech (24%), Szwecji (19%) i Rumunii (18%). W 1934 roku szwedzki archeolog Folke Bergman odkrył około 200 mumii jasnowłosych ludzi rasy kaukaskiej w Kotlinie Tarimskiej w północno-zachodnich Chinach (region znany jako Xinjiang, Turkiestan Wschodni lub Ujgurstan). Najstarsze z tych mumii pochodzą z 2000 r. p.n.e., a wszystkie 7 męskich szczątków przebadanych przez Li i in. (2010) dało wynik pozytywny na obecność mutacji R1a1. Współcześni mieszkańcy Kotliny Tarymskiej, Ujgurzy, należą zarówno do podkladu R1b-M73 (około 20%), jak i do R1a1 (około 30%). Pierwsza teoria dotycząca pochodzenia mumii z Tarymu głosi, że grupa wczesnych jeźdźców konnych z kultury Repin (3700-3300 p.n.e.) wyemigrowała z regionu Don-Wołgi w góry Ałtaj, zakładając kulturę Afanasevo (ok. 3600-2400 p.n.e.), skąd przenieśli się na południe do Kotliny Tarymskiej. Inną możliwością jest to, że mumie z Tarymu pochodzą od ludu protoindoirańskiego (patrz wyżej), który rozprzestrzenił się po całej Azji Środkowej około 2000 r. p.n.e. z kultury Sintashta-Petrovka. Odgałęzienie mogło przekroczyć góry Tien-szan, kończąc swoją ekspansję w Kotlinie Tarymskiej. Teoria ta ma tę zaletę, że potwierdza datowanie mumii z Tarymu.