Najciekawsze pytanie to z czym / kim krzyżowali się ludzie posiadający haplogrupy A i B, gdy przybyli do Afryki: "jedynie linie A0 reprezentują „prawdziwie afrykańskich” autochtonicznych mieszkańców (wraz z odpowiednimi liniami żeńskimi), a krzyżowanie się z nimi napływowych linii haplogrup A i B (a także niektórych linii haplogrup E, R1b itd.), ponownie z odpowiednimi liniami żeńskimi, stworzyło bardzo zróżnicowaną obecną populację afrykańską." Nasze rozważania dotyczące haplogrup od A do T oraz analiza dynamiki przepływu nukleotydów chromosomu Y od naczelnych do ludzi w trakcie ewolucji rodzaju Homo wykazały, że wspólny przodek większości współczesnych mężczyzn, zarówno Afrykanów, jak i nie-Afrykanów, żył 160 000 ± 12 000 lat temu. Ten wspólny przodek został zidentyfikowany jako należący do α-haplogrupy, która jest równoważna lub bliska haplogrupom A1/A1b w obecnej filogenezie. Archaiczne linie rozwojowe (obecnie oznaczane jako A0) pochodzą od przodka, który żył co najmniej 180 000 lat temu (lub znacznie wcześniej). Haplogrupa a i linie A0 mają odmienne od siebie wzorce nukleotydów. Obie częściowo zachowują nukleotydy MSY przodków szympansów, a częściowo zmutowane w odpowiednie SNP. Nasze badania wykazały, że co najmniej 90% nukleotydów MSY szympansów jest takich samych jak nukleotydy żyjących samców H. sapiens. To porównanie wskazuje na obszary zmian u H. sapiens, co pozwala nam wykorzystać MSY szympansów jako przybliżenie wspólnego przodka haplogrupy a rodzaju Homo. Jest oczywiste, że porównując je z loci w DNA innych naczelnych, takich jak goryle, orangutany i makaki, wiele ludzkich loci chromosomu Y zostało zachowanych od naszego wspólnego przodka. Kiedy badaliśmy wolno mutujące 16-markerowe haplotypy, odkryliśmy, że szympansy i współcześni ludzie mieli wspólnego przodka 5,5 ± 0,9 miliona lat temu. Data ta jest zgodna z datami uzyskanymi w badaniach genomu. Jest to ważne, ponieważ pokazuje, że podejście genealogiczne DNA można rozszerzyć na miliony lat w głąb. Wyniki naszej analizy haplotypów, konserwatywnych nukleotydów i SNP sugerują, że nie ma powodu, aby sądzić, że nie-Afrykanie (haplogrupa BT i jej niższe haplogrupy) pochodzili z haplogrup A0, Ala lub innych afrykańskich haplogrup. Dane te są odpowiednio opisane przez model, który pokazuje, że zarówno linie afrykańskie, jak i nie-afrykańskie oddzieliły się od α-haplogrupy około 160 000 lat temu i że chromosomy Y obu grup ewoluowały niezależnie od tego czasu. Oczywiście, chromosom Y stanowi jedynie niewielką część całego genomu, a termin „ewoluować” odnosi się tutaj wyłącznie do ludzkiego MSY. Może on jednak posłużyć jako bardzo użyteczna „sonda” do śledzenia ewolucji człowieka z wszelkimi zastrzeżeniami dotyczącymi genomu. Nie mamy żadnych wskazówek, gdzie mieszkał wspólny przodek haplogrupy a; równie dobrze mógł pochodzić z Europy, Azji lub Bliskiego Wschodu, jak i z Afryki. Uważamy jednak, że jedynie linie A0 reprezentują „prawdziwie afrykańskich” autochtonicznych mieszkańców (wraz z odpowiednimi liniami żeńskimi), a krzyżowanie się z nimi napływowych linii haplogrup A i B (a także niektórych linii haplogrup E, R1b itd.), ponownie z odpowiednimi liniami żeńskimi, stworzyło bardzo zróżnicowaną obecną populację afrykańską. Dopiero dalsze badania pokażą, czy ta hipoteza jest słuszna. Uważamy, że wszystkie założenia hipotezy o wyjściu z Afryki nie wytrzymują prostej analizy. Niniejsze badanie pokazuje, że hipoteza ta nie została odpowiednio uzasadniona. Powszechne twierdzenie, że „anatomicznie współcześni ludzie opuścili Afrykę około 70 000 lat temu”, nigdy nie zostało przekonująco obliczone ani uzyskane w inny sposób. Hipoteza o wyjściu z Afryki nigdy nie została udowodniona; nasze badania sugerują, że jest ona błędna w odniesieniu do anatomicznie współczesnych ludzi.