Egipt, położony na Przesmyku Afrykańskim, jest idealnym regionem do badania historycznej dynamiki populacji ze względu na swoje położenie geograficzne i udokumentowane interakcje ze starożytnymi cywilizacjami w Afryce, Azji i Europie. Szczególnie w pierwszym tysiącleciu p.n.e. Egipt zmagał się z obcą dominacją, co doprowadziło do wzrostu liczby cudzoziemców żyjących w jego granicach, którzy mogli wnieść wkład genetyczny do lokalnej populacji. W niniejszym artykule analizujemy mtDNA i DNA jądrowe zmumifikowanych ludzi odzyskanych ze Środkowego Egiptu, obejmujących około 1300 lat historii starożytnego Egiptu, od III Epoki Przejściowej do Okresu Rzymskiego. Nasze analizy ujawniają, że starożytni Egipcjanie mieli więcej wspólnego z bliskowschodnim pochodzeniem niż współcześni Egipcjanie, którzy otrzymali dodatkową domieszkę subsaharyjską w czasach nowszych. Niniejsza analiza ustanawia starożytne egipskie mumie jako źródło genetyczne do badań starożytnej historii człowieka i oferuje perspektywę rozszyfrowania przeszłości Egiptu na poziomie całego genomu.