Badanie przedstawia nową metodę identyfikacji fragmentów DNA pochodzących od archaicznych ludzi (Neandertalczyków i Denisowian) bez potrzeby posiadania genomów referencyjnych tych populacji. Zamiast tego wykorzystuje się ukryty model Markowa (HMM), który analizuje gęstość wariantów genetycznych niespotykanych w populacji referencyjnej (tzw. outgroup), wolnej od domieszek archaicznych. Główne wnioski płynące z badania to: Nowatorska metoda wykrywa archaiczne fragmenty genomu na podstawie liczby „prywatnych” wariantów DNA w danym osobniku – czyli tych, których nie mają członkowie populacji referencyjnej. Nie wymaga danych o archaicznych genomach, co umożliwia wykrycie domieszek również od nieznanych archaicznych populacji. Walidacja symulacjami pokazuje wysoką czułość i precyzję metody dla domieszek powyżej 2%, a optymalny próg prawdopodobieństwa wykrycia segmentu archaicznego to 0,8. Zastosowanie do Papuasów pozwoliło dokładnie oszacować czas i zakres domieszek archaicznych. U Papuasów wykryto łącznie 4,1–4,4% archaicznego DNA, z czego ok. 1,5–1,8% to materiał unikalny dla nich, a reszta jest dzielona z innymi populacjami nieafrykańskimi (pochodząca głównie od Neandertalczyków). Czas domieszki oszacowano na 888–1254 pokoleń temu, przy czym wydarzenia Neandertalskie były wcześniejsze (ok. 2000 pokoleń temu), a Denisowiańskie – późniejsze i unikalne dla przodków Papuasów. Odróżnianie źródeł domieszki: poprzez porównanie wariantów wykrytych u Papuasów z tymi u innych populacji, badacze zidentyfikowali, że większość unikalnych fragmentów pochodzi od Denisowian, a fragmenty wspólne z innymi nie-Afrykanami – od Neandertalczyków. Fragmenty Denisowiańskie są dłuższe niż Neandertalskie, co wskazuje na późniejsze domieszki Denisowiańskie. Nowa metoda wykrywa więcej Denisowiańskich fragmentów niż metody bazujące na genomie referencyjnym Denisowian, co sugeruje, że wcześniejsze analizy nie uwzględniały całej różnorodności Denisowian (ponieważ genom referencyjny pochodzi od populacji oddzielonej od tej, która mieszała się z Papuasami). Udział Denisowian w innych populacjach: wykryto ślady Denisowiańskiego DNA także u mieszkańców Azji Południowo-Wschodniej i Południowej, choć w znacznie mniejszym stopniu niż u Papuasów. Zdolność do wykrywania domieszek od nieznanych źródeł: niektóre fragmenty archaiczne nie mają odpowiedników w znanych genomach Denisowian czy Neandertalczyków – mogą pochodzić od innych, niezidentyfikowanych populacji archaicznych lub od niedoreprezentowanych linii znanych grup. Zastosowanie uniwersalne: metoda może być stosowana również u innych gatunków (np. szympansów, niedźwiedzi czy słoni), jeżeli dysponujemy populacją referencyjną wolną od domieszki i grupą badaną z potencjalnym wpływem odrębnej linii ewolucyjnej. Podsumowując, badanie wprowadza dokładną, odporną na brak genomów referencyjnych metodę wykrywania domieszek archaicznych i znacząco rozszerza naszą wiedzę o Denisowiańskim pochodzeniu Papuasów, pokazując także potencjał do wykrywania śladów wymarłych lub nierozpoznanych populacji archaicznych.