Badanie Lorente-Galdos i in. (2019) analizuje pełne sekwencje genomowe 21 osób z 15 afrykańskich populacji reprezentujących wszystkie główne grupy językowe i tryby życia (łowcy-zbieracze i rolnicy), z naciskiem na wykrycie archaicznej introgresji u ludności subsaharyjskiej. Zastosowano głębokie sekwencjonowanie całych genomów oraz nowatorskie podejście analityczne łączące Approximate Bayesian Computation (ABC) z uczeniem głębokim (Deep Learning, DL), aby zbadać złożone modele demograficzne. Główne wyniki: Zróżnicowanie genetyczne i struktura populacji: Najwyższe zróżnicowanie genetyczne wykazali łowcy-zbieracze, zwłaszcza populacje Khoisan, następnie Pigmeje. Wyróżniono cztery główne grupy genetyczne w Afryce: Khoisan, Pigmejów, rolników subsaharyjskich i populacje Afryki Północnej. Populacje północnoafrykańskie są genetycznie bliższe populacjom eurazjatyckim niż subsaharyjskim, co sugeruje intensywny przepływ genów przez Morze Śródziemne. Analiza introgresji archaicznej: Nie wykryto śladów introgresji neandertalskiej ani denisowiańskiej w populacjach subsaharyjskich. Zidentyfikowano natomiast sygnał introgresji od nieznanej, archaicznej populacji człowieka nowoczesnego ("XAf"), która rozdzieliła się z przodkami Homo sapiens ~528 tys. lat temu – czyli wcześniej niż rozdział Neandertalczyków i Denisowian (~426 tys. lat temu). Procent DNA pochodzącego od tej archaicznej linii wynosił: 3,8–4,3% u Khoisan i Pigmejów, do 5,8% u populacji Mandenka z Afryki Zachodniej. Modele demograficzne: Spośród sześciu testowanych modeli demograficznych, największe prawdopodobieństwo posteriori (0,85) uzyskał model zakładający introgresję z archaicznej linii blisko spokrewnionej z Homo sapiens (model B). Modele bez introgresji archaicznej miały zerowe lub bardzo niskie wsparcie statystyczne.Inne wnioski: Rozmiar efektywnej populacji (Ne) był przez większość historii wyższy u łowców-zbieraczy (Khoisan i Pigmejów) niż u populacji rolniczych. Genetyczne różnice między populacjami afrykańskimi korelują z ich odległością geograficzną, ale Sahara działała jako bariera genetyczna. Wniosek: Afrykańskie populacje mają złożoną historię demograficzną obejmującą głębokie różnicowanie linii Homo sapiens oraz introgresję od wymarłej archaicznej populacji. Wyniki te kwestionują prosty model pochodzenia człowieka i wskazują na wieloliniową ewolucję w Afryce, z istotnym udziałem "duchowej" linii ludzi nowoczesnych, która nie przetrwała do dziś.