Od 2 do 19% (średnio 11%) puli genetycznej populacji subsaharyjskich, ewoluowało osobno względem reszty ludzkości nawet 1.02mln lat. Szacuje się że 4 mln lat temu żył wspólny przodek szympansów i linii homo – ponad milion lat stanowi połowę tego czasu (inne badania sugerują że separacja linii mogła nastąpić nawet 1.5mln lat temu). Introgresja do populacji zachodnioafrykańskich pochodziła z głęboko zróżnicowanej, dużej populacji (około 25 000 osobników), która oddzieliła się od linii ludzkiej prawie milion lat temu, a przepływ genów, nastąpił stosunkowo niedawno, od 6000 do 124 000 lat temu, wnosząc 2% do 19% puli genetycznej tych populacji. Archaiczna populacja hominidów oddzieliła się od przodka neandertalczyków i współczesnych ludzi od 360 tysięcy lat (ka) do 1,02 miliona lat (Ma) temu (średnio 625 tysięcy lat temu) – czyli znacznie wcześniej niż wszystkie inne dotychczas zidentyfikowane hominidy, których ślady introgresji odnotowano wśród niesubsaharyjskich współczesnych ludzi. Frakcja genetyczna współczesnych Afrykańczyków pochodząca od tej archaicznej populacji jest znacząca. Średnia estymacja posteryjna (dla YRI - Yoruba) 11%, z przedziałem ufności (95% HPD, dla YRI): od 0,045 (4,5%) do 0,19 (19%). Łączny zakres (dla wszystkich populacji zachodnioafrykańskich): Szacuje się, że archaiczna populacja przyczyniła się do 2 do 19% ich puli genetycznej. Czas, w którym nastąpiła introgresja (przepływ genów) z tej archaicznej populacji do przodków współczesnych Afrykańczyków: Średnia estymacja posteryjna (dla YRI): 43 000 lat temu (B.P.). Przedział ufności (95% HPD, dla YRI): od 6000 do 124 000 lat temu. Łączny zakres (dla wszystkich populacji zachodnioafrykańskich): Introgresja nastąpiła od 0 do 124 tysięcy lat temu (ka B.P.). Istnieje niepewność co do dokładnego czasu introgresji. Jedna z interpretacji sugeruje, że archaiczne formy przetrwały w Afryce stosunkowo niedawno (przypis admina: pod tagiem ewolucja znajdziesz odnośniki do badań nt. szkieletu z jaskini Iwo Eleru – pół hominid datowany na 12 000 r. pne). Inną możliwością jest to, że introgresja nastąpiła wcześniej do innej populacji współczesnych ludzi, która później krzyżowała się z przodkami analizowanych populacji. Analiza łączna CSFS (warunkowe widmo częstotliwości alleli) w populacjach CEU (europejskich) i YRI sugeruje, że co najmniej część archaicznych linii w YRI jest również współdzielona z CEU, wskazując na to, że dolny limit czasu introgresji jest jeszcze starszy niż symulowany podział CEU i YRI. Efektywna wielkość populacji dla linii introgresyjnej archaicznej populacji jest również znacząca, gdyż średnia estymacja posteryjna (dla YRI) wynosi 25 000. Badacze ostrzegają, że duża efektywna wielkość populacji introgressującej linii może wskazywać na dodatkową strukturę w tej archaicznej populacji. Zidentyfikowano następujące geny, które wykazują dowody na introgresję adaptacyjną ze strony archaicznych homininów (populacja widmo), ponieważ segmenty archaiczne są obecne z wysoką częstotliwością w obu populacjach YRI i MSL (procenty odpowiednio YRI i MSL): NF1 Gen supresorowy nowotworu (Protein coding) 83% i 85%, MTFR2 Związany z oddychaniem tlenowym mitochondriów w jądrze (Protein coding) 67% i 78%, HSD17B2 Związany z regulacją hormonów (Protein coding) 74% i 68%, KCNIP4 Związany z kanałami potasowymi (Protein coding) 73% i 69%, TRPS1 Związany z zespołem trichorhinophalangeal (Protein coding) 71% i 75%. Źródła wymieniają również inne loci, które osiągnęły wysoką częstotliwość archaiczną (część z nich jest ujęta w Top 10 segmentów według częstotliwości w YRI lub MSL): RP11-286M16.1 (lincRNA): 84% w YRI, 81% w MSL. MIR125B2 (MicroRNA): 76% w YRI, 64% w MSL, RP11-125N22.2 (Pseudogen): 12% w YRI, ale 88% w MSL, KRT18P61 (Pseudogen): 84% w YRI, 36% w MSL. Taka wysoka częstotliwość archaicznych segmentów w populacjach zachodnioafrykańskich ujawnia znaczący wkład archaicznym pochodzeniu w kształtowanie puli genowej współczesnych mieszkańców Afryki Zachodniej. Subsaharyjskie geny przez prawie 1.02mln lat, ani razu nie zostały przekazane do populacji poza subsaharyjskich – aż do upadku Imperium Rzymu. Po VIII w. n.e., w związku z handlem niewolnikami, gen rozprzestrzenił się wśród populacji arabskich (obecnie około 10% arabskich genów pochodzi od subsaharyjskich murzynów), i za ich pośrednictwem w późniejszym okresie trafił do genomów mieszkańców Europy południowej (Sycylijczycy, Hiszpanie 2-4% genomu). Uwaga! W przypadku Arabów, Sycylijczyków, i południowych Hiszpanów podane wartości dotyczą genów pochodzących z rozrzedzonej subsaharyjskiej puli genetycznej, a nie bezpośrednio od omawianego hominida jak w przypadku murzynów (tzn. Arabskie 10% genów subsaharyjskich, powinno dać 0.2% - 1.9% genów hominida - ile dokładnie zależy od stopnia rozrzedzenia genomu hominida wśród "wchłoniętych" w populację murzynów). Więcej na temat procesu krzyżowania się arabów z populacjami subsaharyjskimi znajdziesz w badaniach oznaczonych tagami Arabowie i Ewolucja. Poza wymienionymi populacjami, geny nie występują, więc w dalszym ciągu rdzennie genetyczny Polak, Szwed, Niemiec, Chińczyk ewoluuje osobno względem istotnego fragmentu genomu dowolnego murzyna 1.02mln lat. Jednocześnie populacje subsaharyjskie, przestały ewoluować osobno względem niesubsaharyjskich w skutek omawianej introgresji. Ujmując to najprościej: geny z Eurazji niedawno napłynęły do populacji subsaharyjskiej tworząc hybrydę człowieka z hominidem - co z perspektywy ich DNA, przerwało osobną ewolucję, ale niczego nie zmieniło z perspektywy DNA populacji niesubsaharyjskich ponieważ nie było przepływu o przeciwnym zwrocie. Geny tego hominida i innych podobnie archaicznych są natywne i powszechne wśród murzynów.