Szczególną uwagę wzbudziły ostatnie badania populacji afrykańskich. Nowe analizy wykryły w genomach Afrykanów sygnały archaicznej domieszki od nieznanych homininów, niezwiązanych bezpośrednio z neandertalczykami czy denisowianami. Najsilniejsze sygnały pochodzenia archaicznego znajdują się u grup łowiecko-zbierackich (np. Pigmejów czy San), które mają w swoim DNA fragmenty o bardzo głębokim (rzędu miliona lat) pochodzeniu. Różne afrykańskie społeczności wykazują przy tym odmienne profile archaicznej domieszki, co wskazuje raczej na wiele niezależnych epizodów kontaktów z archaikami niż na pojedyncze zdarzenie. Zidentyfikowano także liczne fale krzyżowań – zarówno z neandertalczykami, jak i z różnymi grupami denisowian. Analizy wykazują co najmniej trzy niezależne epizody wymiany genów z denisowianami (pochodzącymi od różnych populacji denisowiańskich). W genomach ludzi znaleziono także fragmenty DNA tzw. „superarchaicznych” homininów – tak odległych ewolucyjnie gałęzi homininów, że ich genomy nie są znane (być może Homo erectus lub inne). Nawet około 1% genomu denisowian zawiera DNA tych nieznanych grup, co sugeruje, że fragmenty ich genomu przedostały się do Homo sapiens poprzez krzyżowanie się populacji archaicznych ze współczesnymi.