Badanie Hammera i wsp. (2011) dostarczyło dowodów na archaiczne zmieszanie genów w populacjach subsaharyjskich. Autorzy przeanalizowali sekwencje 61 niekodujących regionów autosomalnych u trzech populacji afrykańskich (Pigmejów Biaka, San i rolników Mandenka). Otrzymane wyniki wskazują, że około 2% genomu współczesnych Afrykanów pochodzi od archaicznej linii homininów, która oddzieliła się od przodków ludzi współczesnych ok. 0,7–1 mln lat temu i wprowadziła swe DNA do puli genowej około 35 tys. lat temu. Wśród analizowanych regionów zidentyfikowano trzy kandydujące loci o bardzo głęboko rozdzielonych haplotypach, wskazujące na archaiczną genezę — nazwane 4qMB179 (chromosom 4), 18qMB60 (chr. 18) i 13qMB107 (chr. 13). W locus 4qMB179 odkryto fragment DNA o długości ok. 31,4 kb, w którym haplotypy Pigmejów Biaka różnią się od pozostałych Afrykanów o około 0,3%. Ten archaiczny wariant występował najczęściej w Pigmejach Środkowoafrykańskich (średnio ok. 3,6%), natomiast w populacjach rolników z Afryki Zachodniej i Wschodniej jego częstość wynosiła zaledwie ok. 0,8%. Podobny schemat zauważono w locus 18qMB60 – archaiczny haplotyp osiągał maksymalnie ~1,6% u Pigmejów, i ok. 0,8% u innych Afrykanów. Z kolei haplotyp 13qMB107 osiągał najwyższe częstości w południowej Afryce – ok. 11,9% u San (Xhosa ~6,3%) – i występował u Pigmejów Mbuti (14,8%). Analizy czasów sugerują, że linia archaiczna związana z 4qMB179 oddzieliła się ok. 1,25 mln lat temu, a do przeniknięcia jej do genomu Homo sapiens doszło około 37 tysięcy lat temu.